第三師醫(yī)院是一所集醫(yī)療、教學(xué)、科研為一體的地區(qū)二級甲等綜合性醫(yī)院。醫(yī)院設(shè)置臨床科室17個(gè)，有普外一科（普通外科）、普外二科（腫瘤外科）、骨一科（脊柱、顱腦）、骨二科（創(chuàng)傷骨科）、泌尿外科、婦科、產(chǎn)科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、心臟內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、內(nèi)分泌內(nèi)科、中西醫(yī)科、小兒科、急診科。　　醫(yī)技科室9個(gè)，有檢驗(yàn)科、放射科、特檢科、藥劑科、病理科、理療科、門診部、設(shè)備科、手術(shù)麻醉科。機(jī)關(guān)職能科室12個(gè)。醫(yī)院現(xiàn)擁有東芝1.5T核磁共振、飛利浦16排螺旋CT、飛利浦?jǐn)?shù)字化X線成像系統(tǒng)（DR）、飛利浦?jǐn)?shù)字化血管減影機(jī)（C型臂）、飛利浦?jǐn)?shù)字減影血管造影機(jī)（DSA）、VividS6彩色多普勒超聲儀、飛利浦IE33彩色多普勒超聲儀、奧林巴斯電子胃腸鏡、奧林巴斯支氣管鏡、膽道鏡、COBASe411電化學(xué)發(fā)光圈子的免疫分析儀、美國強(qiáng)生350干化學(xué)分析儀等大型醫(yī)療設(shè)備。　　醫(yī)院目前已建立3套遠(yuǎn)程醫(yī)療系統(tǒng)，分別是全軍影像學(xué)遠(yuǎn)程醫(yī)療平臺；兵團(tuán)醫(yī)院和石河子醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院的遠(yuǎn)程醫(yī)療平臺。并先后與衛(wèi)生部中日友好醫(yī)院、解放軍154醫(yī)院、廣東中山市、東莞市相關(guān)醫(yī)院建立了對口支援關(guān)系；與兵團(tuán)醫(yī)院、石河子一附院、新疆醫(yī)學(xué)院、自治區(qū)腫瘤醫(yī)院、自治區(qū)中醫(yī)院等醫(yī)院建立了良好的協(xié)作關(guān)系。　　醫(yī)院目前可在腹腔鏡下開展，膽道造影、膽囊切除術(shù)、闌尾切除術(shù)、腹腔探查術(shù)、腔鏡下甲狀腺腫瘤切除術(shù)、腔鏡下疝修補(bǔ)術(shù)（成人、小孩）、腔鏡輔助直結(jié)腸腫瘤根治術(shù)、重度痔瘡采用痔上粘膜環(huán)切術(shù)(PPH)、次全子宮切除、宮外孕――孕囊摘除術(shù)、卵巢囊腫、子宮肌瘤剔除術(shù)、絕育術(shù)、輸卵管傘端再通術(shù)，腹腔鏡下全子宮切除術(shù)、附件手術(shù)、宮頸癌根治術(shù)。　　醫(yī)院外科在肝膽疾病方面開展了肝葉切除術(shù)及部分肝切除術(shù)治療肝臟占位性病變、肝包蟲外囊切除術(shù)、內(nèi)囊切除術(shù)、肝內(nèi)膽管結(jié)石切開取石術(shù)、高位膽管癌梗阻近端左肝管T管引流術(shù)、乳腺癌前哨淋巴結(jié)活檢術(shù)、食管癌二切口、三切口根治術(shù)、肺癌根治術(shù)等。　　醫(yī)院骨科在顱腦外科方面開展了微創(chuàng)鉆孔引流術(shù)、開顱血腫清除術(shù)一千例，人工髖膝關(guān)節(jié)置換術(shù)一千例、率先在喀什地區(qū)完成人工肘關(guān)節(jié)置換術(shù)三例，關(guān)節(jié)鏡手術(shù)已走在本地區(qū)的前列。近二十年完成脊柱結(jié)核，脊柱壓縮性骨折，頸椎病、腰間盤突出、腰椎滑脫及脊柱退變等手術(shù)近3000例。微創(chuàng)的經(jīng)皮椎體成形術(shù)，對老年人壓縮性脊柱骨折具有創(chuàng)傷小、恢復(fù)快的優(yōu)點(diǎn)。同時(shí)開展轉(zhuǎn)移皮瓣治療皮缺損及開放性骨折等，在治療骨髓炎等方面也有很豐富的經(jīng)驗(yàn)。　　醫(yī)院婦產(chǎn)科新開展了盆底重建術(shù)，使子宮脫垂和陰道前后壁脫垂的患者有了更好的治療。電子陰道鏡、電子宮腔鏡檢查術(shù)及宮腔鏡下宮頸電切、宮腔病變電切術(shù)、會陰、宮頸聚焦治療技術(shù)等、中藥灌腸后超短波治療盆腔炎，在不孕不育的治療方面也取得了一定成果，以及在陰道縮窄術(shù)、陰式全子宮切除術(shù)、不開刀藥物保守治療宮外孕等取得良好效果，在喀什地區(qū)處于領(lǐng)先地位。　　醫(yī)院心內(nèi)科成功開展了經(jīng)皮穿刺冠狀動脈造影及支架置入術(shù)、經(jīng)橈動脈途徑冠脈介入診療術(shù)、急診PCI術(shù)、主動脈內(nèi)球囊反搏術(shù)、臨時(shí)及永久起搏器植入術(shù)、電生理檢查及射頻消融術(shù)等復(fù)雜難度較高的心血管介入手術(shù)。對冠心病、急性心肌梗死、心源性休克、心律失常、心力衰竭、高血壓、心包炎、心肌炎、心肌病等心血管疾病具有較高的診療水平。　　近十年來醫(yī)院與美國“微笑列車”慈善項(xiàng)目合作，免費(fèi)為喀什地區(qū)1200余名唇腭裂患者成功實(shí)施手術(shù)治療，引起社會的強(qiáng)烈關(guān)注。　　第三師醫(yī)院始終堅(jiān)持“救死扶傷，守護(hù)邊疆人民健康”的宗旨，發(fā)揚(yáng)艱苦奮斗的軍墾精神，不斷提高醫(yī)療質(zhì)量，創(chuàng)新醫(yī)療服務(wù)，倡導(dǎo)人文關(guān)懷，努力為病人提供全程、全方位的優(yōu)質(zhì)服務(wù)。始終本著“團(tuán)結(jié)誠實(shí)、優(yōu)質(zhì)高效、患者至上、追求卓越”的醫(yī)院精神，堅(jiān)持社會效益第一，充分體現(xiàn)公益性的辦院方向，努力打造成為“服務(wù)好、質(zhì)量好、醫(yī)德好，群眾滿意”的喀什地區(qū)醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量一流的綜合性醫(yī)院。　　同時(shí)醫(yī)院堅(jiān)持十萬助學(xué)，共建三師醫(yī)院。