巴楚縣人民醫院的前身是巴楚縣衛生院，成立于1951年，經過五十余年的艱苦創業，現已成為全縣醫療技術中心，是一所集醫療、預防、保健、康復、科研、培訓、教學為一體的初具規模的綜合性醫院。

巴楚縣人民醫院位于縣城東區，占地面積70000平方米，目前總建筑面積16500余平方米，業務用房面積6960平方米。院內房屋的水、電、暖齊備，運行良好。醫院周邊環境綠化良好，無工業企業。醫院有前、后兩個大門，四周交通便利，極大的方便了各鄉鎮、團場的患者來我院就診。建設中的綜合住院大樓共七層，建筑面積達八千多平方米，全部為無障礙病房，將極大地改善病患就醫條件。

巴楚縣人民醫院于1996年9月被定為二級甲等醫院，1998年11月被命名為“全國愛嬰醫院”，2000年被授于自治區級文明單位。全院設有31個科室，現有正式職工192人，其中衛生技術人員171人。