紹興市第六醫院創建于1965年，是紹興地區唯一一家三級乙等傳染病專科醫院，擔負著全市各類傳染性疾病的診治工作，是融傳染病的預防、醫療、科研、教學、康復、保健為一體的市級專科醫院。
紹興市第六醫院占地面積16008平方米，建筑總面積23000平方米，綠化覆蓋率達35%，開放床位350張，設有11個病區，9個醫技科室。現有職工333人，其中衛生專業技術人員286人，高級職稱36人，中級職稱90人。2006年門急診量達到58953人次，住院收治病人3895人次，床位使用率達91.33%。醫院環境優美、設備先進、技術力量雄厚、硬件設施現代化，擁有全身螺旋CT、百勝彩色B超儀、島津500毫安X光機、人工肝支持系統、LX-20自動生化分析儀、庫爾特流式細胞儀、雅培化學發光分析儀、德國史托斯腹腔鏡系統、日本奧林派斯膽道鏡、射頻消融儀等儀器設備。是紹興市傳染病的醫療科研教育中心，附設有：紹興市結核病醫療中心、浙醫一院紹興肝病診治中心、肝膽外科診治中心、紹興市亞健康診治中心、紹興市肝病研究所、紹興市老年病研究所等機構。
紹興市第六醫院醫療技術精湛、科研成果豐碩，有多項科研項目獲省、市科技進步獎。“病毒性肝炎學科”是市級重點學科，現已成功開展肝臟穿刺活檢、腹水濃縮回輸儀治療頑固性腹水、人工肝支持系統治療重型肝炎、高膽紅素血癥、肝性腦病及脂肝凈治療脂肪肝等新技術、新項目。同時采取中西醫結合、內外科聯動的方法，系統治療肝硬化、肝癌及其并發癥，成功開展了肝硬化腹腔鏡下巨脾切除術、晚期肝癌肝動靜脈埋泵術及肝癌切除術等手術，在社會上樹立了較高的聲譽。“呼吸內科（肺結核方向）”是紹興市第三批臨床醫學重點學科，現已開展結核桿菌的各類涂片、培養、藥敏及鑒定，“結核分枝桿菌的快速培養及研究”作為一個優勢項目在廣泛應用。并能熟練開展纖維支氣管鏡下的多項診斷、治療手段，包括：篩檢、活檢、肺泡灌洗、灌注止血、微波再通等。
紹興市第六醫院堅持“以病人為中心，以質量為核心”的服務理念，實行“病人擇醫、擇護制”、“首問負責制”、“收費一日清單制”、“服務承諾制”等管理模式，以優質技術、優良服務、優美環境、優惠價格贏得了社會的好評，取得了經濟效益和社會效益雙豐收。先后榮獲紹興市文明單位、紹興市治安安全單位、紹興市愛國衛生先進單位、病人滿意醫院、市級思想政治工作先進集體、市直衛生系統行風建設先進單位、市直衛生系統目標責任制考核一等獎單位等榮譽稱號。